1）將官網(wǎng)下載到的BSTViewer_project文件夾數(shù)據(jù)（或者通過(guò)運(yùn)行BSTMatrix 得到的BSTViewer_project 文件夾）存放到英文命名的文件夾之中；【包括各個(gè)級(jí)別分辨率矩陣文件，及BMChiper 或者官網(wǎng)下載的HE 染色圖片】可以同時(shí)在此文件夾下邊新建一個(gè)outdir 作為文件輸出路徑；

2）運(yùn)行“BSTViewer V3.0正式版-WIN-64\BSTViewer V3.0正式版\bin”目錄下的BSTViewer，點(diǎn)擊“創(chuàng)建項(xiàng)目”創(chuàng)建任務(wù)，選擇1）中的文件夾outdir；

創(chuàng)建輸出目錄

3）導(dǎo)入HE圖片和矩陣文件。導(dǎo)入的HE圖片可以通過(guò)鼠標(biāo)左鍵進(jìn)行移動(dòng)，滾輪可對(duì)圖片進(jìn)行縮放；

導(dǎo)入HE圖片

導(dǎo)入矩陣

4）進(jìn)行ROI 創(chuàng)建。點(diǎn)擊“ROI”按鈕，此處可以選擇全局聚類和部分區(qū)域聚類。cont和conts-all分別代表在全局下聚類與全局扣除空白區(qū)域聚類。區(qū)域聚類的話目前提供了“框選模式”和“矩形框選”兩種模式?？蜻x合適的區(qū)域后點(diǎn)擊“結(jié)束一次選取”，選擇“保存或摳除”，完成之后點(diǎn)擊“保存ROI組”并命名即可；

5）點(diǎn)擊“Clustering”，選取自己感興趣的分辨率，和適當(dāng)?shù)膮?shù)，然后點(diǎn)擊“啟動(dòng)聚類”；

LEVEL選擇：不同等級(jí)分辨率

最小基因數(shù)：當(dāng)單個(gè)spot中基因數(shù)少于這個(gè)數(shù)目則會(huì)被自動(dòng)過(guò)濾掉；

最小spot組數(shù)：?jiǎn)蝹€(gè)基因需要表達(dá)的spot數(shù)，少于這個(gè)數(shù)目該基因會(huì)被過(guò)濾掉；

RESOLUTION：聚類豐富度值，該數(shù)值越高cluster種類越多，推薦在0.5附近調(diào)整。

區(qū)域框選

區(qū)域聚類結(jié)果

全局聚類結(jié)果

摳除空白的全局聚類結(jié)果

6）最后得到框選到的感興趣區(qū)域的聚類結(jié)果，點(diǎn)擊“ROI”切換為“瀏覽模式”可以通

過(guò)鼠標(biāo)滾輪進(jìn)行縮放，查看結(jié)果；

7）聚類圖片可以在TOOLS欄中進(jìn)行保存。點(diǎn)擊圖畫模式可以選擇“僅保存HE”和“HE＆Cluster”分別進(jìn)行保存。

結(jié)果路徑

1）cluster聚類結(jié)果保存在“outdir文件夾”中的“cluster”中。包含cluster聚類圖片、barcode信息、UMAP、tSNE聚類結(jié)果。

2）聚類過(guò)程中保存的HE圖片和cluster聚類圖片保存在“imgs”文件夾中。

3）選擇的區(qū)域聚類的矩陣文件保存在“subdata”文件夾中