全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）

在某一群體中，不同座位上某兩個(gè)基因同時(shí)遺傳的頻率明顯高于預(yù)期的隨機(jī)頻率的現(xiàn)象，稱連鎖不平衡?(linkage?disequilibrium)?。自然群體中連鎖強(qiáng)度以D’或r²表示，D’或r²越接近于1，代表連鎖關(guān)系越強(qiáng)。一般用r²大于0.1的數(shù)據(jù)作為連鎖不平衡的衰減（LD?decay）的數(shù)值，LD-decay越長(zhǎng)，代表物種的SNP間發(fā)生重組的概率越小，LD-decay越短，代表物種的SNP間發(fā)生重組的概率越大。

基于SNP，利用TASSEL軟件的混合線性模型(compressed?MLM)得到關(guān)聯(lián)值，公式計(jì)算為：y=?Xα+Qβ+Kμ+e。其中，通過admixture軟件計(jì)算樣品群體結(jié)構(gòu)Q，通過SPAGeDi軟件計(jì)算樣品間親緣關(guān)系K，X為基因型，y為表型，最終每個(gè)SNP位點(diǎn)都能得到一個(gè)關(guān)聯(lián)值。最終將性狀關(guān)聯(lián)到基因組XX號(hào)染色體上。

基于SNP，利用Haploview單體型預(yù)測(cè)軟件，預(yù)測(cè)得到單體型塊(趨向于整體遺傳的基因序列，Block)。Block大小分布體現(xiàn)了在整個(gè)基因組范圍內(nèi)趨向于整體往下遺傳的基因序列的長(zhǎng)度，block越小，說明基因組重組越多。

一般情況下，全基因組關(guān)聯(lián)分析的曼哈頓圖常常與染色體位置、LD-Block圖進(jìn)行聯(lián)合分析，根據(jù)顯著關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)確定注釋的染色體區(qū)域，同時(shí)在該區(qū)域進(jìn)行LD-Block分析，找到與該位點(diǎn)連鎖較強(qiáng)的其他SNP位點(diǎn)，并對(duì)其所在的基因進(jìn)行功能注釋。