LncRNA測序

lncRNA的預(yù)測包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。百邁客綜合目前應(yīng)用廣泛的編碼潛能分析方法對候選lncRNA進(jìn)行進(jìn)一步的篩選，主要包括：CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結(jié)構(gòu)域分析四種方法，目前采取逐級篩選的方法，最終鑒定得到的noncding transcripts用于后續(xù)lncRNA分析。為直觀展示分析結(jié)果，將4種分析軟件逐級篩選后的lncRNA進(jìn)行統(tǒng)計，做維恩圖。

經(jīng)過四種軟件預(yù)測篩選后，對最終得到lncRNA種類及占比情況進(jìn)行統(tǒng)計，根據(jù)lncRNA相對于附近編碼基因的位置將其分為lincRNA、Antisense-lncRNA、Intronic-lncRNA、sense_lncRNA這4類lncRNA，這些lncRNA對編碼基因的調(diào)控方式不同。lincRNA更可能通過順式方式干擾轉(zhuǎn)錄。Antisense-lncRNA可能在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因表達(dá)。

在生物體內(nèi)，不同的基因產(chǎn)物相互協(xié)調(diào)來行使生物學(xué)功能，對差異表達(dá)lncRNA反式靶基因的注釋分析有助于進(jìn)一步解讀基因的功能。KEGG數(shù)據(jù)庫是關(guān)于Pathway的主要公共數(shù)據(jù)庫，GO數(shù)據(jù)庫分類總結(jié)了基因的生物學(xué)功能，對差異表達(dá)lncRNA靶基因在KEGG、GO數(shù)據(jù)庫中的注釋結(jié)果進(jìn)行富集分析。

lncRNA與mRNA在不同比對分析組合中的表達(dá)情況間接的表現(xiàn)了lncRNA和mRNA在某一生物時間段的表達(dá)關(guān)系，對差異表達(dá)lncRNA和mRNA表達(dá)量和在染色體上的分布的交互式分析，繪制相應(yīng)的火山圖和MA圖。