中文字幕乱码亚洲中文在线 ,四川妇女BBBB爽BBBB爽

產(chǎn)品介紹

百創(chuàng)S1000（BMKMANU S1000）是由百邁客生物設(shè)計(jì)并研發(fā)而來(lái)的基于微孔微珠上Spatial Barcode實(shí)現(xiàn)對(duì)組織切片mRNA分子捕獲的亞細(xì)胞級(jí)空間轉(zhuǎn)錄組芯片。百創(chuàng)S1000可以廣泛應(yīng)用于生物器官發(fā)育、神經(jīng)科學(xué)、免疫感染、脅迫應(yīng)激、生物遺傳進(jìn)化等生命科學(xué)領(lǐng)域的研究。

百創(chuàng)S1000優(yōu)勢(shì)

亞細(xì)胞分辨率

哺乳動(dòng)物體細(xì)胞平均直徑為10μm，百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄芯片分辨率達(dá)到了4.8μm，到達(dá)亞細(xì)胞級(jí)別。

多級(jí)分辨率調(diào)整

百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄芯片結(jié)果支持從100μm-4.8μm動(dòng)態(tài)調(diào)整。

保留HE染色

百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄芯片保留原片HE染色，結(jié)合高分辨率的spots聚類，能得到更為精準(zhǔn)的結(jié)果。

捕獲區(qū)域靈活定制

百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄芯片支持1-8個(gè)捕獲區(qū)域的靈活訂制。

更好兼容Nanopore三代數(shù)據(jù)

Nanopore有效拆分了接近50%。

Nmuber?of?Reads	Number?of?Base	Reads?with?Valid?Barcode	Bases?with?Valid?Barcodes	N50	Bases?Mapped?to?Transcriptome?And?with?Valid?Barcode
105,553,898	70,516,281,320	73.85%	73.42%	740	49.55%

二代與三代數(shù)據(jù)的UMI/Gene counts per spot的相關(guān)性還是tSEN/UMAP的降維聚類，都顯示具有非常高的一致性。這充分說(shuō)明百創(chuàng)S1000-Nanopore全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品完全可以獨(dú)立進(jìn)行數(shù)據(jù)的拆分與挖掘分析，無(wú)需依賴NGS數(shù)據(jù)的校正。

UMI counts per spot

Gene counts per spot

技術(shù)原理

在6.8mm * 6.8mm的捕獲區(qū)域內(nèi)有約220萬(wàn)個(gè)直徑2.5μm的微孔，將布滿oligo（R1+Spatial Barcode+UMI+poly(dT)VN）直徑2.5μm的微球隨機(jī)嵌入到微孔之中，形成陣列，相鄰兩個(gè)微珠的中心距離為4.8μm。Spatial barcode 種類有為5600萬(wàn)種，提供了更為長(zhǎng)的sptail barcode長(zhǎng)度，約為70bp，這能更好的兼容三代測(cè)序，能大幅提高nanopore數(shù)據(jù)的BC識(shí)別效率。

技術(shù)流程

百創(chuàng)S1000部分實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)

實(shí)例一：大鼠胚胎組織

百創(chuàng)S1000分辨率最高可達(dá)到4.8μm，相比目前主流空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序芯片精度提高了近400倍，高分辨率下HE染色組織形態(tài)學(xué)與spots聚類空間分布圖重合度更高，可以更加精準(zhǔn)識(shí)別空間基因表達(dá)的異質(zhì)性和組織區(qū)域的特異性。