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10×單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)

快速有效的獲取高質(zhì)量單個(gè)RNA分子全部序列

產(chǎn)品介紹

10×單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄組測序利用ONT長讀長實(shí)時(shí)測序技術(shù)結(jié)合10X技術(shù)可以直接讀取反轉(zhuǎn)錄的全長cDNA,并進(jìn)行快速分析。這樣能夠有效的獲取高質(zhì)量的單個(gè)RNA分子的全部序列,準(zhǔn)確辨別二代測序無法識(shí)別的同源異構(gòu)體 (isoform)、同源基因、超家族基因或等位基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本。

技術(shù)優(yōu)勢

細(xì)胞獲取通量高

讀長長

獲取reads數(shù)多

單張芯片可混上萬個(gè)cell

實(shí)驗(yàn)原理

 

Nanopore測序借助分子通過納米孔時(shí)引起孔兩側(cè)電位差來實(shí)現(xiàn)信號(hào)檢測,而ATCG四種堿基的帶電性質(zhì)不同,因此通過電信號(hào)差異特征即可檢測出通過納米孔的堿基類型,從而實(shí)現(xiàn)測序。

結(jié)果展示

1141個(gè)細(xì)胞的Illumina基因表達(dá)(h)和納米孔轉(zhuǎn)錄本表達(dá)(i)的t-SNE圖[2]。
差異基因(a)和差異轉(zhuǎn)錄本(b)的表達(dá)情況[2]

相關(guān)問題

10×單細(xì)胞全長轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的應(yīng)用方向有哪些?

細(xì)胞圖譜繪制、生物標(biāo)志物分析、腫瘤異質(zhì)性與耐藥分析、干細(xì)胞分化與潛能研究

怎樣從全血中分離 PBMC?

(1). 將全血用 PBS 1:1 在錐形管中稀釋;

(2). 在稀釋的樣本上面加入等體積的 Ficoll;

(3). 1000g 離心 20min;

(4). 將位于 PBS 和 Ficoll 層間的 PBMC 轉(zhuǎn)移到一個(gè)新的管中;

(5). 加入 PBS 清洗細(xì)胞;

(6). 4℃,300-400g 離心細(xì)胞懸液 4-5min,去除上清液;

(7). 用不含鈣鎂的 1X PBS + 0.04%BSA 緩沖液重懸沉淀細(xì)胞并做計(jì)數(shù)和活力分析;

(8). 重復(fù)步驟 6 后,將細(xì)胞用不含鈣鎂的 1X PBS + 0.04%BSA 緩沖液重懸至細(xì)胞濃度為 2×10^7/ml。

相關(guān)文獻(xiàn)

[1]

Singh M, Al-Eryani G, Carswell S, et al. High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes. Nat Commun. 2019;10(1):3120. Published 2019 Jul 16.

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[2]

Kevin Lebrigand, Virginie Magnone,Pascal Barbry,Rainer Waldmann.High throughput, error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing.November 05, 2019

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