【文獻(xiàn)秀第3期】全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組的比較分析揭示羅浮買(mǎi)麻藤莖的動(dòng)態(tài)變化

摘要

買(mǎi)麻藤屬的大部分種類(lèi)廣泛分布于熱帶地區(qū)，有著廣泛的工業(yè)用途，包括繩、網(wǎng)以及紙的制造。盡管已經(jīng)有許多研究對(duì)莖的發(fā)育過(guò)程進(jìn)行了解剖研究，但在買(mǎi)麻藤屬植物中，調(diào)控這一發(fā)育過(guò)程的潛在分子機(jī)制仍鮮為人知。利用Oxford Nanopore技術(shù)，從羅浮買(mǎi)麻藤（Gnetum lofuense）莖發(fā)育的四個(gè)階段取樣，共獲得12個(gè)樣本進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。分析結(jié)果顯示，共發(fā)現(xiàn)了24,151個(gè)可變剪接（AS）和134,391個(gè)可變多聚腺苷酸化（APA）。在四個(gè)發(fā)育階段中，發(fā)現(xiàn)可變剪接呈現(xiàn)動(dòng)態(tài)變化，特別是內(nèi)含子保留的情況，而可變多聚腺苷酸化位點(diǎn)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量沒(méi)有發(fā)現(xiàn)動(dòng)態(tài)變化。共檢測(cè)到728個(gè)lncRNA，順式調(diào)控的靶基因數(shù)量顯著增加，而反式調(diào)控的靶標(biāo)基因數(shù)量沒(méi)有變化。此外，對(duì)所有全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的K-mean聚類(lèi)分析顯示，初生生長(zhǎng)與碳水化合物代謝和真菌防御有關(guān)，而次生生長(zhǎng)與光合作用、氮轉(zhuǎn)運(yùn)和葉片個(gè)體發(fā)育密切相關(guān)。通過(guò)加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析和差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本分析發(fā)現(xiàn)，bHLH，GRF和MYB相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子參與了羅浮買(mǎi)麻藤莖的初生生長(zhǎng)，而AP2，MYB，NAC，PLZA和bZIP參與了羅浮買(mǎi)麻藤莖的次生生長(zhǎng)。本研究結(jié)果進(jìn)一步證明，納米孔測(cè)序技術(shù)為生成全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和研究種子植物器官發(fā)育提供了一種經(jīng)濟(jì)有效的方法。

活動(dòng)信息

本期文獻(xiàn)秀就邀請(qǐng)了本文作者為大家?guī)?lái)這篇文獻(xiàn)的詳細(xì)解讀，想詳細(xì)了解這篇文獻(xiàn)設(shè)計(jì)分析思路的同學(xué)歡迎參加本次直播活動(dòng)：

主題：【納米孔測(cè)序技術(shù)】全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組的比較分析揭示羅浮買(mǎi)麻藤莖的動(dòng)態(tài)變化

時(shí)間：5月25日16:00

形式：線上直播

主辦方：百邁客生物

分享嘉賓

侯晨 博士

畢業(yè)于斯德哥爾摩大學(xué)（瑞典）植物系統(tǒng)發(fā)育學(xué)專(zhuān)業(yè)，中山大學(xué)博士后，廣東省林業(yè)科學(xué)研究院助理研究員，主要研究方向?yàn)檎翆僦参稞埬X累積的分子機(jī)制，澳洲堅(jiān)果種子，買(mǎi)麻藤屬發(fā)育和轉(zhuǎn)錄組。

劉紹艷 博士

畢業(yè)于南京農(nóng)業(yè)大學(xué)，百邁客生物實(shí)驗(yàn)研發(fā)工程師，主要負(fù)責(zé)ONT平臺(tái)各產(chǎn)品的相關(guān)研發(fā)工作。

活動(dòng)支持

?

關(guān)于文獻(xiàn)秀

文獻(xiàn)秀是百邁客生物搭建的生命科學(xué)文獻(xiàn)分享平臺(tái)，在這里，我們邀請(qǐng)當(dāng)前熱門(mén)科研進(jìn)展文獻(xiàn)的作者分享科研經(jīng)歷，助力科研，解讀基因。如果您也想向科研同行們分享你的經(jīng)驗(yàn)，請(qǐng)聯(lián)系微信：Devin0709，我們將給予一定的獎(jiǎng)勵(lì)。

文獻(xiàn)秀—優(yōu)秀文獻(xiàn)分享平臺(tái)