作者： Biomarker
分類： 醫(yī)學(xué)研究
一般做完RNA的差異表達分析后，會有一堆的結(jié)果與數(shù)據(jù)。那么，怎么樣讓你的分析結(jié)果在paper中以更加直觀形象（好看炫酷）的方式展示出來呢？
前面我們講過熱圖函數(shù)pheatmap()參數(shù)講解。下面我們介紹另外一種展示方式：火山圖（Volcano Plot）。
首先，我們要注意兩個重要概念：
FDR（False Discovery Rate）
在差異表達分析過程中，采用統(tǒng)計學(xué)方法對原有假設(shè)檢驗得到的p值進行校正，并最終采用校正后的p值，即為FDR。
FC（Fold Change）是兩個/組樣品間基因表達水平的比值，是表示差異倍數(shù)的變量。
第1步? 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
差異表達分析結(jié)果數(shù)據(jù)示例：第一列為基因名稱，第二列為差異表達分析算法得到的p值，第三列為矯正后的p值，即FDR，第四列為log2FC值。繪制火山圖只需要最后兩列就行。
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
| gene_symbol | PValue | FDR | log2FC |
|---|---|---|---|
| RAB22A | 0.731093877 | ?0.915536119 | ?-0.043559185 |
| DDX20 | 0.455372338 | ?0.779014647 | ?-0.099300804 |
| CILP2 | 0.415756716 | ?0.749566482 | 1.420386794 |
| 項目 #4 | 0.003274032 | ?0.056770217 | 6.182603532 |
| RP11-618P17.4 | 0.351633414 | ?0.709160705 | -0.108742132 |
第2步? R代碼畫圖
最后繪制出來的火山圖如下，是不是比干巴巴地在文章里面貼一個差異表達分析結(jié)果的表格好看多了？
注：
一個點表示一個基因, 橫坐標(biāo)表示某一個基因在兩樣品中表達水平差異倍數(shù)的對數(shù)值;縱坐標(biāo)表示FDR的負(fù)對數(shù)值。橫坐標(biāo)絕對值越大，說明基因在兩樣品間的表達水平倍數(shù)差異越大;縱坐標(biāo)值越大，表明差異越顯著，篩選得到的差異表達基因越可靠。圖中綠色的點代表表達下調(diào)基因, 紅色的點代表表達上調(diào)基因, 黑色代表非差異表達基因。
點擊按鈕，獲取設(shè)計思路方案
關(guān)注百邁客云，隨時隨地學(xué)習(xí)
最近文章
京公網(wǎng)安備 11011302003368號