三代測(cè)序儀以其超長(zhǎng)讀長(zhǎng)的優(yōu)勢(shì)，在基因組組裝中備受青睞，目前廣泛應(yīng)用的是PacBio三代單分子熒光測(cè)序和Nanopore三代單分子納米孔測(cè)序，因Nanopore測(cè)序讀長(zhǎng)更長(zhǎng)且通量高的特點(diǎn)，近幾年在基因組組裝應(yīng)用中嶄露頭角，先后在Nature Biotechnology上發(fā)表了人的基因組、Plant cell上發(fā)表了野生番茄基因組、Nature Genetics上發(fā)表了高粱基因組等等，測(cè)序技術(shù)已相當(dāng)成熟。
ONT測(cè)序結(jié)果展示
作物類（部分）
林木類（部分）
動(dòng)物（部分）
水產(chǎn)（部分）
中藥材（部分）
注：Species：分析的物種信息；SeqNum：各個(gè)長(zhǎng)度范圍內(nèi)序列的數(shù)目；SumBase：指各個(gè)長(zhǎng)度范圍內(nèi)序列的總長(zhǎng)度；N50Len：reads N50長(zhǎng)度；N90Len：readsN90長(zhǎng)度；MeanLen：平均reads長(zhǎng)度；MaxLen：最長(zhǎng)reads長(zhǎng)度；MeanQual：質(zhì)量值。
以上是總結(jié)的部分作物類、林木類、動(dòng)物、水產(chǎn)和中藥材的下機(jī)數(shù)據(jù)結(jié)果展示，從以上的數(shù)據(jù)不難看出，平均raeds長(zhǎng)度幾乎均在20Kb以上，最長(zhǎng)reads高達(dá)1.6Mb以上（不同樣品DNA抽提難易程度不同，會(huì)造成一定的影響）。
基因組組裝結(jié)果展示
上表中最后一列MeanQual就是下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量值，與堿基準(zhǔn)確度的換算公式為：準(zhǔn)確度 = 1-10^(-Q/10)，經(jīng)計(jì)算? Nanopore下機(jī)數(shù)據(jù)單堿基的平均準(zhǔn)確率約為86%左右，這樣經(jīng)過(guò)校正的數(shù)據(jù)再用Canu、SMARTdenovo、WTDBG等軟件進(jìn)行基因組的組裝，再經(jīng)過(guò)二代數(shù)據(jù)的polish之后，堿基的準(zhǔn)確度可達(dá)到99.99%以上呢！
廢話少說(shuō)，直接上組裝結(jié)果！
植物（部分）
動(dòng)物（部分）
注：Species：分析的物種信息；CtgNum：contig數(shù)目；CtgLen：contig總長(zhǎng)度；CtgN50：contigN50長(zhǎng)度；CtgN90：contigN90長(zhǎng)度；CtgMax：最長(zhǎng)contig長(zhǎng)度；GC(%)：GC含量占比。
注：物種：分析的物種信息；Complete BUSCOs：找到完整基因數(shù)；Complete and single-copy BUSCOs：其中單拷貝基因數(shù)；Complete and duplicated BUSCOs：多拷貝基因數(shù)；Fragmented BUSCOs：預(yù)測(cè)不完整基因數(shù)；Missing BUSCOs：沒(méi)有預(yù)測(cè)出來(lái)的基因數(shù)。
評(píng)估結(jié)果顯示基因完整度均在90%以上??！說(shuō)明Nanopore數(shù)據(jù)的組裝連續(xù)性和完整性都是非常好的，是值得廣大科研工作者信賴的哦！
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