百邁客微生物多樣性APP包含30余項(xiàng)分析內(nèi)容，自上線(xiàn)以來(lái)主流程運(yùn)行35W+次，個(gè)性化運(yùn)行300W+次，為了豐富分析內(nèi)容，近期我們會(huì)持續(xù)對(duì)分析內(nèi)容進(jìn)行優(yōu)化更新，我們一起來(lái)看看本期的新增內(nèi)容吧。
1.群落結(jié)構(gòu)分析
微生物群落生態(tài)學(xué)的一個(gè)主要目標(biāo)是了解構(gòu)成跨時(shí)空物種豐度模式的過(guò)程。確定性和隨機(jī)性?xún)煞N類(lèi)型的過(guò)程會(huì)影響群落的聚集。確定性過(guò)程與生態(tài)選擇相關(guān)，隨機(jī)過(guò)程包括不可預(yù)測(cè)的擾動(dòng)、概率性的散布和隨機(jī)的出生-死亡事件等，這些變化不是由環(huán)境決定的適應(yīng)性結(jié)果。通過(guò)零模型量化群落的絕對(duì)系統(tǒng)發(fā)育距離與隨機(jī)系統(tǒng)發(fā)育距離的偏離度，偏離程度越大，群落受確定性因素的影響越大，偏離度越小，群落受隨機(jī)性因素的影響越大。通常使用βNTI（最近種間親緣關(guān)系指數(shù)）以評(píng)估不同時(shí)空尺度下隨機(jī)性和確定性過(guò)程對(duì)微生物群落組裝的影響。
云平臺(tái)上關(guān)于群落結(jié)構(gòu)分析的操作非常簡(jiǎn)單，打開(kāi)結(jié)題報(bào)告后點(diǎn)擊“Beat多樣性分析”中的群落結(jié)構(gòu)分析，選中需要分析的樣品點(diǎn)擊提交，然后可以在分析記錄界面查看分析結(jié)果（由于會(huì)做999次重復(fù)計(jì)算，大家耐心等待哦）。
分析結(jié)果包含2個(gè)表格，分別記錄兩兩樣品之間βNTI和RCbray的值。
其中，| βNTI |>2表示觀(guān)察到的兩個(gè)群落之間的更替主要由選擇控制，其中βNTI>+2與變量選擇一致，而βNTI<-2表示同質(zhì)選擇。因此，| βNTI |<2意味著一組群落的更替受擴(kuò)散限制、均勻化擴(kuò)散或未消除過(guò)程的控制。為了理清這些過(guò)程，Raup-Crick矩陣（RCbray）基于群落的標(biāo)準(zhǔn)Bray-Curtis矩陣構(gòu)建，提供有關(guān)所觀(guān)察到的流動(dòng)程度是否明顯偏離預(yù)期的信息。這個(gè)值等于觀(guān)測(cè)到的Bray-Curtis和零分布之間的偏差，范圍是-1到+1。| RCbray |<0.95可以解釋為終止過(guò)程的影響。反過(guò)來(lái)，擴(kuò)散限制加上漂移導(dǎo)致大于預(yù)期的周轉(zhuǎn)率（RCbray>+0.95），而RCbray<-0.95則表明群落組成的周轉(zhuǎn)率主要受均勻擴(kuò)散控制。
2.三維PCA/PCoA
PCA/PCoA分析通常使用第一軸和第二軸的信息展示樣品或者分組之間的聚集和差異，當(dāng)?shù)谝惠S和第二軸不足以展示組間差異時(shí)，我們可以通過(guò)三維圖查看前3軸對(duì)樣品間差異的影響。打開(kāi)結(jié)題報(bào)告后點(diǎn)擊“Beat多樣性分析”中的PCA分析或者PCoA分析，選中樣品或者分組，提交任務(wù)后會(huì)顯示三維分析結(jié)果。
本期關(guān)于新增個(gè)性化就介紹到這里了，后續(xù)還有picrust2、funguild、tax4Fun2、MicroPITA、相關(guān)性分析等多項(xiàng)分析內(nèi)容正在準(zhǔn)備上線(xiàn)中，歡迎大家隨時(shí)關(guān)注！
參考文獻(xiàn)：Jizhong, Zhou, Daliang, et al. Stochastic Community Assembly: Does It Matter in Microbial Ecology[J]. Microbiology & Molecular Biology Reviews, 2017.
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