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 分類: 時空組學, 智能制造

【百創(chuàng)智造S3000空間單細胞分割實測數據】

物種信息:小鼠

測序策略:Illumina PE150

分析軟件點擊下載>>:BSTMatrix

參考基因組版本:GRCm38_release95

Demo數據點擊下載>>:百創(chuàng)S3000空間轉錄芯片鼠腦Demo數據

【實測數據分析結果概覽】

細胞分割結果

Type Number of Cells Median Genes per Cells Median UMI Counts per Cells Total Genes Detected
Value 94020 1999 3892 37080

基于細胞分割的聚類結果

數據情況

Type Number Percent(%)
Number of Reads 1,647,163,344
Valid Barcodes 1,518,333,646 92.18
Valid UMIs 1,634,484,110 99.23
Final Valid Reads 1,517,476,104 92.13

比對概覽

Type Percent(%)
Reads Mapped to Genome 98.14%
Reads Mapped Confidently to Genome 87.4%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 3.36%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions 3.94%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions 80.1%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome 80.15%

飽和度

Tpyes Sequencing Saturation Fraction Reads in Spots Under Tissue
Values 68.67% 92.07%

多級分辨率結果

Level L18

(100μm)

L9

(50μm)

L7

(36μm)

L6

(30μm)

L5

(24μm)

L4

(18μm)

L3

(12μm)

L2

(6μm)

L1

(3.5μm)

Number of

SupSpots

3,535 14,971 25,592 35,712 53,277 87,809 170,996 464,159 2,622,153
Median Genes

?per SupSpot

11,007 6,244 4,654 3,793 2,909 2,026 1,198 510 107
Median UMI Counts per SupSpot 99,970 23,612 13,799 9,867 6,608 3,990 2,034 742 130
Total Genes Detected 37,152 37,154 37,162 37,163 37,157 37,161 37,163 37,165 37,165

基于BIN的部分多級聚類結果

百創(chuàng)S3000腦數據與某平臺數據Demo比較

百創(chuàng)S3000空間轉錄芯片

百創(chuàng)空間轉錄組以原片無錯高清H&E+原片無錯熒光+原片測序,“三片合一”實現精準的細胞分割,將空間轉錄組推進到單細胞分辨率的領域。

本著持續(xù)創(chuàng)新,深耕時空領域的決心,經過又潛心研發(fā),百創(chuàng)智造于2024年3月27日在山東青島正式發(fā)布了百創(chuàng)S3000空間轉錄組芯片,讓空間組學的性能再進一步。

百創(chuàng)S3000在6.8mm*6.8mm的捕獲區(qū)域內鋪設了4,144,770個捕獲位點,相鄰兩個捕獲位點的中心距為3.5μm。

相較于現在廣受市場認可與好評的百創(chuàng)S1000轉錄組芯片,捕獲位點數提升近2倍,分辨率同樣提升近2倍

在相同的測序飽和度下,單細胞級別分辨率下中位UMI提升了30%~70%,中位基因數提升30%-60%。

 

如果您對百創(chuàng)S3000技術感興趣,歡迎聯系我們

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